Kuusamon kaupungin organisaatio muodostuu neljästä toimialasta: keskushallinnosta, yhdyskuntatekniikasta, tulevaisuustoimialasta sekä kasvatus- ja sivistystoimialasta.
Kaupungin johtoryhmään kuuluvat
- kaupunginjohtaja
- hallinto- ja talousjohtaja
- sivistystoimenjohtaja
- yhdyskuntajohtaja
- kehitysjohtaja ja
- Koillis-Suomen Kehittämisyhtiö Naturpolis Oy:n toimitusjohtaja.
Keskushallinnon muodostavat hallintopalvelut, talous- ja henkilöstöpalvelut sekä tietohallintopalvelut. Toimialaa johtaa hallinto- ja talousjohtaja.
Kasvatus- ja sivistystoimeen kuuluvat hallinto-, koulutus-, varhaiskasvatus sekä kulttuuri- ja vapaa-aikapalvelut. Toimialaa johtaa sivistystoimenjohtaja.
Tulevaisuustoimiala jakaantuu kolmeen tulosalueeseen, joita ovat kasvu ja kehitys, alueiden kehitys sekä työllisyys ja kansainvälisyys tulosalueet. Toimialaa johtaa kehitysjohtaja.
Yhdyskuntatekniikan muodostavat rakennusvalvonta, ympäristö, kiinteistöt sekä kunnallistekniikka. Toimialaa johtaa yhdyskuntajohtaja.